Alle Leiter der im FZ:GEO vertretenen Arbeitsgruppen sowie die externen Kooperationspartner gehören automatisch der Mitgliederversammlung an. Sie wählt den Vorstand und die beiden Sprecher. Die Sprecher repräsentieren das FZ:GEO nach innen und außen. Derzeit sind dies Prof. Dr. Monika Sester von der Fakultät für Bauingenieurwesen und Geodäsie und Prof. Dr. François Holtz von der Naturwissenschaftlichen Fakultät.
Die beiden Sprecher werden durch die Geschäftsstelle unterstützt. Die Geschäftsstelle koordiniert die Zusammenarbeit zwischen den beteiligten Parteien und informieren alle am FZ:GEO beteiligten Personen über Projektfortschritte und anstehende Veranstaltungen.
Das Entscheidungsgremium des Forschungszentrums bildet der Vorstand. Dieser setzt sich aus den beiden Sprechern sowie den Vertretern der sieben Forschungsfelder zusammen. Aus den Forschungsfeldern heraus bilden sich, z.B. als Reaktion auf eine Ausschreibung, projektbezogene „task groups“. Diese werden von der wissenschaftlichen Koordination unterstützt und je nach Bedarf einberufen und wieder aufgelöst.
